Dragon Ball Online comienza en el Año 1000 de la Cronología de Dragon Ball (216 años después de que Son Goku se fue a entrenar con Uub en el Año 784, ignorando por completo las historias no creadas por Toriyama, como Dragon Ball GT, las películas y el relleno de DB y DBZ). El jugador encarnará a uno de los muchos guerreros que pueblan el Dragon World, quienes buscarán las siete Esferas de Dragón, entrenar y participar en el Tenkaichi Budokai (Torneo de artes marciales) y hasta se convertirán en superguerreros legendarios. Mientras el jugador se entrena, se dará cuenta de que algo está amenazando a la Tierra. La Tierra está siendo dividida en varios pedazos por una malvada organización conocida como el Ojo Oscuro. Gracias a las indicaciones de la Patrulla del Tiempo de Trunks, el jugador se mete en una aventura para derrotar a esta organización, conociendo a otros jugadores por el camino gracias a las opciones Online del juego. Además, los personajes originales de la serie harán su aparición en Dragon Ball Online a través de los viajes temporales en la máquina de la patrulla del tiempo.